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PFA膜和PTFE膜主要有以下區別：
分子結構：PTFE由純四氟乙烯聚合而成，分子鏈呈剛性排列。PFA是在PTFE分子鏈中引入全氟烷氧基側鏈，這一結構變化降低了PFA的結晶度，使其具備不同的性能和加工特性。
外觀：PFA膜通常為半透明或透明狀態，而PTFE膜一般呈現乳白色不透明狀態。
加工性能：PTFE加工難度較高，需通過高溫燒結成型。PFA具有熱塑性，可通過擠出或注塑等方式成型，能加工成復雜結構，加工范圍更廣，成型性能。
耐化學腐蝕性：兩者都有極強的耐化學腐蝕性，幾乎能抵抗所有強酸、強堿及有機溶劑的侵蝕。但PFA在高溫下的化學惰性更突出，例如在260℃濃硫酸中連續工作2000小時后，PFA的抗拉強度保留率仍超過95%，而PTFE在同等條件下會出現輕微溶脹。
耐溫性能：PTFE的短期耐溫上限更高，可達320℃，長期使用溫度范圍一般為-80℃~260℃。PFA長期耐溫范圍是-80℃~260℃，其熔融溫度為305℃，較PTFE更低，更適合注塑加工。并且PTFE在260℃以上會發生輕微熱膨脹，PFA的熱變形溫度更高，在高溫高壓流體輸送中形變率更低。
機械性能：PFA的斷裂伸長率可達300%，彎曲模量僅700MPa，柔韌性好，適合復雜管路布局。PTFE彎曲模量高達6000MPa，更適合直線輸送系統。不過PTFE的性更優，在閥門密封件應用中，其磨損量僅為PFA的1/3。